El Acuerdo sobre participación política, llegó en noviembre de 2013, seis meses después del Acuerdo sobre Tierras. Así como el acuerdo agrario, un acuerdo de participación política, significó un importante avance, pues es el reconocimiento de un problema histórico en todo el Conflicto Armado Colombiano. Esta lucha armada, ha sido la lucha por el acceso al poder y la representación efectiva bajo un sistema democrático. Ha sido el debate sobre el orden de una sociedad que desde su independencia, venía intentando desarrollar un proyecto de nación como república con un régimen democrático, pero que en su intento ha vivido casi permanentemente en un estado de guerra civil, disputando el poder en las urnas, pero armados, incluso cuestionando, como en todo occidente, el mismo sentido o conveniencia de la república y de la democracia. “Una democracia armada” como la define Gonzalo Sánchez y otros autores como Javier Guerrero.
El acuerdo trató sobre temas que siempre quedaron relegados o completamente ausentes en anteriores procesos de paz, como el estatuto de la oposición, las garantías al ejercicio de la protesta o el acceso a medios de comunicación, no solo para las FARC-EP cuando se convirtieran en partido político sino para todos los movimientos o partidos, antiguos y nuevos.
Otro importante aporte a la “salud” del sistema político colombiano fue el reconocimiento en este acuerdo, de buscar herramientas y programas para la reconciliación, como camino para superar los odios, la estigmatización y promover la tolerancia y la convivencia. Complementando este acuerdo sobre política, se pretendió fortalecer la participación y veeduría ciudadana desde lo local y regional, con el propósito de propiciar un mayor involucramiento en los planes de desarrollo y por supuesto la seguridad de quienes participan en la acción política desde lo local. De la misma manera se pretendió dar mayor transparencia y solidez al sistema electoral, así como el llamado enfoque de género, que se entendía como una activa y prioritaria participación de la mujer, pero que para algunos sectores intransigentes su sentido siempre fue sospechoso y motivo para tergiversar información y atacar los diálogos.
Los objetivos principales sin embargo, fueron menos publicitados y en cambio, el debate que despertó este acuerdo, se centró principalmente en las llamadas “circunscripciones Transitorias Especiales de Paz”, que significaban la participación política de integrantes de las FARC-EP en el parlamento, inmediatamente se cerrara el Acuerdo Final y luego de convertirse en un movimiento político con personería y en la completa legalidad. Partidos y movimientos de derecha y opositores al gobierno y a los diálogos de paz de La Habana, cuestionaron la apertura a que miembros de la guerrilla, con acusaciones o condenas graves, como crímenes de lesa humanidad, pudieran participar y tener voz y voto en el parlamento y demás instancias de participación. Esta discusión fue permanente desde la comunicación de este acuerdo hasta hoy día. Incluso no han dejado de presentarse altercados y escenas de ira y odio entre algunas bancadas del congreso, que aún no reconocen la legitimidad de la presencia de miembros de las antiguas FARC-EP, ahora pertenecientes al partido Fuerza Alternativa Revolucionaria del Común —FARC (desde 2021, Comunes) en el Congreso, y en igualdad de condiciones junto a partidos tradicionales.